Pada tahun 90-an dan wal tahun 2002 di Mataram berdiri beberapa Akademi milik Departemen Kesehatan. Dimulai dengan dibukanya Akademi Gizi pada tahun 1992 yang merupakan konversi dari Sekolah Pembantu Ahli Gizi (SPAG), kemudian diikuti oleh Akademi Keperawatan Mataram dan Akademi Kerawatan Bima pada tahun 1997 sebagi konversi dari Sekolah Perawat Kesehatan, selanjutnya pada tahun 1998 dibuka Akademi Kebidanan dan terakhir pada tahun 2001 dibuka pula Akademi Analis Kesehatan sebagai konversi dari Sekolah Menengah Analis Kesehatan.

      Seiring dengan tuntutan efektifitas dan efisiensi maka Departemen Kesehatan pada pertengahan tahun 90-an mulai mengembangkan pendidikan satu atap atau apa yang disebut dengan "Multy Stream Academy" yang diuji cobakan di wilayah Indonesia Timur yaitu : Jayapura, Ambon, Kupan dan Dili (saat itu). Pada tahun 1999-2000 Departemen Kesehatan bekerjasama dengan P4D Depatemen Pendidikan Nasional melakukan kegiatan pendataan sumber daya yang dimiliki oleh Akademi-Akademi milik Depatemen Kesehatan dengan melakukan visitasi ke propensi-propensi. Hasil Pendataan dan pengkajian dari sumber daya yang tersedia menjadi landasan berdiri atau tidaknya suatu Politeknik Kesehatan di suatu tempat atau di satu propinsi bisa berdiri lebih dari satu Politeknik Kesehatan.

      Akhirnya melalui Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial Nomor 298/Menkes-Kesos/SK/IV/2001 Tanggal 16 Nopember 2001 terbentuklah Politeknik Kesehatan dan salah satunya adalah Politeknik Kesehatan Mataram. Berdasarkan keputusan tersebut Politeknik Kesehatan Mataram memiliki Jurusan Keperawatan, Jurusan Kebidanan, Jursuan Gizi dan Program Studi Keperawatan Bima di Kota Bima. Kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.00.06.1.4.2.02225 tanggal 1 Juli 2004 maka Akademi Analis Kesehatan Mataram diintegrasikan ke dalam Politeknik Kesehatan Mataram menjadi Program Studi Analis Kesehatan dari Jurusan Gizi.

      Politeknik Kesehatan terbentuk dari Akademi–akademi yang sebelumnya berdiri dengan manajemen sendiri-sendiri. Setelah terbentuknya Politeknik Kesehatan Mataram segera diikuti dengan pelimpahan tenaga, peralatan dan inventaris dari Akademi–Akademi ke Politeknik Kesehatan Mataram. Penyelarasan dan pengaturan penggunaan keuangan, kepegawaian, perlengkapan dam proses belajar mengajar yang meliputi : Kurikulum, dosen, laboratorium, perpustakaan dan penunjang yang lain terus diupayakan sehingga Politeknik Kesehatan Mataram dapat menghasilkan lulusan yang berkualitas.

      Seperti halnya Politeknik Kesehatan lainnya di Indonesia, maka Politeknik Kesehatan Mataram secara efektif memulai operasionalnya pada bulan Maret 2002 yaitu setelah dilantiknya Direktur Politeknik Kesehatan Mataram. Politeknik Kesehatan Mataram sampai dengan Desember 2004 menyelenggarakan : pertama : Program Reguler pada semua jurusan dan Program Studi, kedua: Jalur Khusus pada Jurusan Keperawatan Mataram, Program Studi Keperawatan Bima, Jurusan Kebidanan Mataram dan Jurusan Gizi Mataram, serta ketiga : Program Khusus yang diampu oleh Jurusan Keperawatan Mataram meliputi Program Khusus RSUD Praya, Program Khusus RSUD Selong dan Program Khusus Puskesmas Lombok Tengah dan Lombok Timur. Sedangka Program Studi Keperawatan Bima mengampu Program Khusus Rumah Sakit Daerah Bima.

      Selama kurang lebih empat tahun berdirinya Politeknik Kesehatan Mataram, kegiatan-kegiatan ditekankan pada sosialisasi keberadaan Politeknik Kesehatan baik secara internal maupun eksternal, bersamaan dengan itu pula dilakukan konsolidasi dengan mendirikan lembaga/unit, memadukan kegiatan administratif dan teknis peningkatan jumlah sarana dan prasarana.